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内容简介:
本书共六章, 章介绍生物信息学使用环境搭建,主要介绍Linux的发行版、安装、基本配置及远程访问工具;第二章介绍生物信息学分析中主要用到的基本Linux命令,并使用生物信息数据进行实例操作;第三章介绍生物信息学的基本序列比对,包括BLAST比对、BLAT比对及ClustalW多序列比对等;第四章和第五章介绍目前生物信息学研究领域的热点——高通量数据分析方法,包括基因芯片分析和RNA-seq分析;第六章介绍蛋白质结构预测的基本方法。全书内容介绍由浅入深,重视对生物信息学实践能力的培养,通过生物信息学工具和方法来分析具体的生物信息学数据,从而使读者逐步打开生物信息学的大门。
书籍目录:
章 生物信息学使用环境搭建
节 Linux系统简介
一、免费获取
二、跨平台的硬件支持
三、丰富的软件支持
四、多用户多任务
五、可靠的安全性
六、良好的稳定性
七、完善的网络功能
第二节 Linux操作系统安装及基本配置
一、Linux发行版介绍
二、Linux操作系统的安装
三、Windows XP系统与Fedora 18共存
四、Llnux下的远程访问配置
五、远程访问工具使用
六、Cygwin工具的使用
七、WinSCP
八、使用SCP终端命令在Windows和Linux之间传输文件
第二章 Linux与生物信息学
节 Linux文件系统介绍
第二节 Linux基本命令介绍
一、 基本命令
二、文件和目录操作命令
第三节 Linux环境下Vi编辑器的使用
一、启动Vi编辑器
二、几种模式切换
三、编辑相关命令
四、查找和替换命令
第四节 Shell编程基础
第三章 基因序列比对
节 BLAST比对
一、BLAST介绍
二、BL,AST程序介绍
三、BLAST程序安装
第二节 BLAT比对
一、BLAT介绍
二、下载BLAT
三、编译安装BLAT
四、运行BLAT
五、BLAT运行实例
六、在线运行BLAT
第三节 Clustal W多序列比对
一、简介
二、下载Clustal W
三、安装Clustal W
四、运行Clustal W程序
五、命令方式运行Clustal W
六、在线方式运行Clustal W
第四章 基因芯片分析
节 引言
第二节 DNA微阵列分析
一、DNA微阵列实验介绍
二、解释微阵列数据
三、对微阵列数据进行处理
四、对微阵列数据进行相似陛分析
五、对DNA微阵列数据进行聚类分析
六、自组织映射
七、对DNA微阵列数据进行差异表达分析
八、DNA微阵列数据分析相关工具
第五章 RNA—seq分析
节 引言
第二节 分析流程
一、数据准备
二、软件准备
三、RNA-seq分析过程
第六章 蛋白质结构预测
节 概论
第二节 从头预测法
第三节 反向折叠方法
一、折叠数据库的准备
二、建立合适的势函数
三、折叠模式的确定
四、蛋白 终模型的建立
第四节 同源建模
一、同源参考蛋白的搜索
二、结构保守区域的确定
三、序列比对
四、模型搭建
五、模型的优化与评估
六、同源建模的应用和展望
第五节 蛋白结构预测中常用的网站
作者介绍:
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其它内容:
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网站评分
书籍多样性:3分
书籍信息完全性:9分
网站更新速度:9分
使用便利性:8分
书籍清晰度:3分
书籍格式兼容性:7分
是否包含广告:6分
加载速度:9分
安全性:5分
稳定性:4分
搜索功能:3分
下载便捷性:5分
下载点评
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书籍真实打分
故事情节:6分
人物塑造:7分
主题深度:9分
文字风格:7分
语言运用:5分
文笔流畅:4分
思想传递:4分
知识深度:8分
知识广度:5分
实用性:4分
章节划分:8分
结构布局:9分
新颖与独特:5分
情感共鸣:6分
引人入胜:6分
现实相关:3分
沉浸感:5分
事实准确性:4分
文化贡献:5分